其架构可与天庭媲美，却又更加隐秘高效。
万古楼楼主是这个杀手组织的最高权力，身份成谜，万古楼唯一的道祖，亦是创始人，自万古楼立派以来从未更替，姓名与样貌为禁忌，仅以“楼主”为称。
传闻其修为早已突破太清境桎梏，臻至“道祖”这一修仙界的终极境界，可定界域兴衰，可逆时光流转。
已有一纪元未现真身，唯有在组织面临存亡之际，才会通过“万古镜”降下法旨。
执掌万古道玺，此物据说是先天至宝，可在一定范围内改写天道规则。
这位楼主制定万古楼的“楼规”，掌握“绝杀令”的最终签发权，此令一出，即便目标是太清境大能，亦会被全楼追杀。
楼主常年闭关，仅通过“十二阁主”传递意志，百万年间现身次数不超过三次。
楼主之下是十二阁主。
这些阁主都是太清境修士。
这十二位太清境大能组成的核心长老议会，分管三千界域的十二大区如东玄域、西荒域、南溟域等。
每位阁主各掌一域生杀大权，修为均在太清境中阶以上，其中资历最老者已半步道祖。
阁主的职责是审核跨域级别的高难度任务，一般目标为太一境及以上修士，制定区域内的悬赏价格，以“玄金令”为交易货币。
阁主们监督下辖势力的运转，定期向楼主汇报。
若遇重大危机如目标联合正道宗门反扑，可调动本域所有万古楼资源，甚至请求其他楼主支援。
同时阁主们还掌管“楼规”的解释权，例如对“中立地”的界定、“魂誓令”的执行细则等。
十二搁主每百年在总坛召开“万杀会”，以楼主令牌表决重大事务，若意见分歧，则以“登仙台”决斗定胜负。
万古楼还有独特的执行与监察体系，那就是执法长老与传讯使。
万古楼的恐怖之处，在于其规则的绝对执行力。
这一体系由太一境修士主导，以铁腕维护楼内秩序。
执法长老，有太清境，也有太一境
每阁都设三位执法长老，直属于该域阁主，修为均为太一境高阶，擅长追踪与禁制之术。
他们的职责是追查违反“楼规”者，例如在“万古驿”内动手、拒绝履行“魂誓令”、泄露楼内机密等。
执行十二阁主的裁决，如废去违规杀手的修为、抹除其在楼内的所有记录。
镇压附庸势力的叛乱，例如“千眼阁”若私藏情报，执法长老可直接屠阁。
执法长老标志腰间悬挂“执法令”，见令如见楼主，即便是太一境级杀手亦需跪拜。