送别杜甫和李白后两年，李邕就遭到奸相李林甫的****，李邕并没有听从孔璋“率德改行”的忠告，又一次把手伸向了公钱，“奸脏事发”，但这不足以断送他的性命。真正的原因是，远在长安京师的左骁卫兵曹柳绩与他的岳父杜有邻不睦，污蔑杜有邻妄称有占验之能，交构东宫，指责皇帝。这本是信口开河之谈，无凭无据之辞，却被李林甫抓住，严令审讯，查出柳绩是祸首，却莫名其妙地将柳绩连同他的岳父杜有邻一同杖死。审讯中查出李邕曾送给柳绩一匹马，便以“厚相赂遗”受到牵连，又因李邕与淄川太守裴敦复有私交，裴敦复曾荐李邕于北海，裴敦复亦遭到株连。李林甫立刻责令他的两个爪牙驰往山东，将李邕、裴敦复“就郡决杀”，李邕已有七十高龄。
李邕不畏惧死亡，屡出诤谏之言，武则天时他拜左拾遗，在朝堂之上当着则天皇帝的面，就敢于和御史中丞宋璟，一同指责则天皇帝的心腹张昌宗兄弟以权谋私。武则天想发火，但是没有发作，沉吟了半天，竟应允了宋璟、李邕的批评。这就是孔璋所言，“往者张易之用权，人畏其口，而邕折其角”。可见李林甫为排除异己，绝杀李邕等有识之士的残酷，甚于武则天之于来俊臣。对于李邕的死，杜甫悲痛欲绝，他哭道：“坡陀青州血，羌没汶阳瘗”。李白愤怒之极，感叹之极，他大呼：“君不见李北海，英风豪气今何在？君不见裴尚书，土坟三尺蒿棘居”。
李邕能诗善文，工书法，尤擅长行楷书。当时的中朝衣冠以及很多寺观常以金银财帛作酬谢，请他撰文书写碑颂，他一生共为人写了八百篇，得到的润笔费竟达数万之多。但他却好尚义气，爱惜英才，常用这些家资来拯救孤苦，周济他人。
李邕撰文书写的碑文，常请伏灵芝，黄仙鹤和元省己鑴刻，据明代杨慎的《丹铅录》考证，这三人很可能也是李邕的化名。他的传世作品有《叶有道先生碑》《端州石室记》《麓山寺碑》《东林寺碑》《法华寺碑》《云麾将军李思训碑》《云麾将军李秀碑》。传世书迹以《岳麓寺碑》《李思训碑》最为世人重视。
李邕曾任北海太守，故人称“李北海”，李邕的书法艺术，在当时与后世获得了很高的评价，他的为人和才情更为世人所敬重。他的父亲李善是一位正直博学的人，为官遭贬，后专心学术，所注萧统《文选》六十卷，至今被视为《文选》最主要的注本之一。