保护计划和研究方案制定完成后，顾芊凝和楚墨寒立即着手组织实施。他们首先成立了文明遗迹保护机构，并任命了一位经验丰富的专家担任机构负责人。这位负责人迅速组建了一支专业的保护团队，开始对宇宙中的古老文明遗迹进行调查和登记。
调查工作进行得非常艰难。宇宙中的古老文明遗迹分布广泛，有些遗迹位于偏远的星球上，交通不便，环境恶劣。保护团队成员们不畏艰难，勇敢地踏上了征程。他们乘坐着先进的飞船，穿越茫茫宇宙，寻找着那些被遗忘的遗迹。
在调查过程中，他们发现了许多令人惊叹的古老文明遗迹。有的遗迹是巨大的城市废墟，曾经繁华的街道和建筑如今只剩下残垣断壁；有的遗迹是神秘的神庙，墙壁上刻满了古老的文字和图案；还有的遗迹是高科技的设施，虽然历经岁月的侵蚀，但依然散发着神秘的光芒。
保护团队成员们对每一个遗迹都进行了详细的测量、拍照和记录。他们将遗迹的位置、规模、保存状况等信息一一登记在册，建立了详细的档案资料。同时，他们还对遗迹周围的环境进行了调查，了解自然因素对遗迹的影响，为后续的保护工作提供参考。
在调查的基础上，保护团队开始对一些重要的遗迹进行日常维护和管理。他们定期对遗迹进行巡查，及时发现和处理自然因素和人为破坏对遗迹造成的损害。对于一些受损严重的遗迹，他们还组织了专业的修缮队伍进行修缮。修缮工作非常精细，需要使用先进的技术和材料，确保遗迹能够恢复到原来的状态。
与此同时，考古团队也开始了对重要遗迹的考古发掘和研究工作。他们小心翼翼地挖掘着遗迹中的每一寸土地，生怕破坏了遗迹的完整性。在发掘过程中，他们发现了许多珍贵的文物和历史资料。这些文物和资料不仅为研究古老文明提供了重要的依据，也让人们对宇宙的历史有了更深刻的认识。