华罗庚认为一个比较完备的数学所，应当包括纯粹数学、应用数学和计算数学三大部，而每部则包括若干重点领域。但华罗庚对数学所筹备的一番好意，却引来了一些流言，他只好申明自己“不在研（究）所任职以明心迹”。
1947年3月，已经秘密入党的关肇直成功考取公费留学，赴法国巴黎大学庞加莱研究所留学。
1947年7月，中研院数学所正式成立时，姜立夫被任命为所长，其弟子陈省身为代理所长，当时旅美的华罗庚被聘为专任研究员。
1948年，中研院首次评议和选举出中国历史上第一批院士，共有包括华罗庚在内的81名院士，分为数理、生物、人文3组，开创国内院士制度先河。
1948年冬，因战争缘故，8名院士以及部分机构的图书和科研设备被ROC方面抢运赴台。
1949年4月23日，金陵解放；5月27日，浦江解放。
实际上，民国学界可谓派系林立。不仅因不同留学国别造成留日、留美、留欧之间的派别，国内不同学校毕业也有其派别。时人批评说，在中小学则有某大学派，某师范派，在大学则有英美法德日等派，派别之中，复有以地域而分化为小派别者，名目繁多，不胜枚举，“留英美派”与“留法派”的冲突只是最明显、最知名的一部分。
派系的权力虽然无形，其影响却超过了校长的权力。
然而，从后来的历史发展来看，此后的很长一段时间里，这种冲突的余波仍未消散。
以上为新中国成立之前的情况，以下为新中国成立之后的情况——
据《竺可桢日记》记载，出自清华的钱三强起初其实“极不赞同”华罗庚出任所长。但在筹备数学所的过程中，钱三强等人逐步转变了看法。
华罗庚回国后，很快就有华罗庚想当所长的传言，尤其是从清华大学传出华罗庚“胃口太大”的风言风语，甚至被批判为“政治上的骗子，学术上的商人”。
1950年12月23日，华罗庚主持中科院筹备处会议，正式推举华罗庚出任所长。
最晚1951至1952年，华罗庚在一些人眼里就成了问题人物。由于他曾加入KMT，并受到常凯申的召见，在一些人看来这都是重大的“政治历史问题”，因而被作为重点对象受到了很不公正的批判。