在处置了齐泰、黄子澄、方孝孺等一众建文旧臣之后，朱棣心中却依旧觉得此事做得还不够彻底。这些人过往的言行举止，已然让朱棣清醒地意识到，若要让大明的黎民百姓真心承认自己乃是正统所在，那就必须彻底消除大哥朱标以及侄子朱允炆身上所承载的正统名分。
回想起此前自己曾下令以天子之礼安葬朱允炆，朱棣此刻不禁微微感到懊悔。而念及大哥朱标时，朱棣更是忍不住再次喟然长叹，他深知若大哥尚在人世，定然不会如朱允炆那般对待宗亲，而自己恐怕也绝不会萌生出一丝一毫谋逆篡位的念头。
虽说自己已然从大哥之子手中夺过了皇位，内心深处对大哥着实愧疚万分，可朱棣经过深思熟虑后，还是毅然决定废除大哥和侄子朱允炆的皇帝称号，试图以此来大力宣扬自己的正统地位，同时也期望能够消除他们父子二人在大明百姓心中留下的影响。
就在二十六日这一日，南京城中处处弥漫着肃穆的氛围。众人皆依照旨意行事，将兴宗孝康皇帝的牌位迁移至陵园之中，曾经的尊号不再继续沿用，而是仍旧称其为懿文太子。这看似仅仅只是一个名号上的简单更改，然而却仿佛在无声之间宣告着一个旧时代已然彻底落下了帷幕，而崭新的秩序正有条不紊地逐步建立起来。
秋七月初一，明媚的阳光倾洒在南郊的广袤大地上。朱棣身着庄重华贵的冕服，亲自莅临主持那大祭天地的隆重仪式。在这庄严肃穆的场合之中，朱棣向着天地郑重宣告自己已然成为大明的帝王，同时也顺带着祭奉明太祖。
待祭礼完毕之后，一道诏书颁布至天下各处：“今年以洪武三十五年作为纪年，明年则定为永乐元年。建文帝在位之时所更改的成文法制，全部恢复为旧有的制度。”
此诏令一经下达，意味着过往建文朝所留下的诸多施政痕迹都将要被一一抹去，一切都要重新回归到太祖时期的旧模样。这对于整个大明的官场以及民间而言，无疑是引发了一场不小的震动。
随后的近半年，陆陆续续的旨意从京城发出，宣布着朱棣这位新皇对朝堂的一系列改革。
为恢复民生，朱棣还下达旨意：“山东、北平、河南这些遭受兵祸侵扰的州县，免除徭役三年；未曾遭受兵祸的州县以及凤阳、淮安、徐、滁、扬三州，减免租税一年；而余下的全国其他州县，则全部减免今年田租的一半。”