公元前80年4月，托勒密十二世·奥莱特抵达亚历山大港并被宣布为国王。
他的统治时间被正式定为从父亲去世的公元前81年开始，从而略过了贝伦尼丝三世（Berenice III）和托勒密十一世（Ptolemy XI）的统治。
继位后不久，托勒密十二世娶了他的亲戚克利奥帕特拉五世（Cleopatra V）为妻。
关于她的父母身份尚不确定——现代学术界普遍认为她是托勒密九世（Ptolemy IX）的妹妹，但克里斯托弗·贝内特（Christopher Bennett）认为她可能是托勒密十世（Ptolemy X）的女儿。
这对夫妇成为共治君主，并且一同被纳入托勒密王朝的宗教崇拜，称为“父爱与兄妹爱的神”（Theoi Philopatores kai Philadelphoi）。
这个称号可能是为了加强托勒密十二世对王位的主张，特别是在有声音声称他是托勒密九世的私生子，因此不应继承王位的背景下。
公元前76年，孟菲斯（Memphis）帕塔神庙的大祭司去世，托勒密十二世前往孟菲斯，任命他14岁的儿子帕谢里恩普塔三世（Pasherienptah III）为新大祭司。
随后，帕谢里恩普塔三世为托勒密十二世加冕为法老，并前往亚历山大港，被任命为托勒密十二世的“先知”。
这些事件在帕谢里恩普塔的葬碑——中有详细记载，显示了托勒密王朝与孟菲斯祭司之间在这一时期建立的极其紧密且互相支持的关系。
公元前69年8月，克利奥帕特拉五世不再被提及为共治君主。
当时，她的形象被刻在霍鲁斯神庙（Temple of Horus）主塔门的雕刻上，这些雕刻也在此时被遮盖起来。
为何会发生这一突变尚不清楚，但推测她可能在此时被休弃。
此后，托勒密十二世采取了新的王室称号“新狄俄尼索斯”（Neos Dionysos，新狄俄尼索斯），克里斯·贝内特提出这一称号与他与克利奥帕特拉五世的分离有关。
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公元前88年，托勒密十世去世时，他的遗嘱将埃及遗赠给罗马，如果他没有存活的继承人。
尽管罗马人没有立即采取行动，但他们采取行动的可能性迫使随后的托勒密国王们采取小心谨慎且尊重罗马的政策。
托勒密十二世·奥莱特（Ptolemy XII Auletes）继续执行这一亲罗马政策，以保护自己并确保其王朝的命运。