蓝色宝珠、红色宝珠隐藏可以控制超古代宝可梦的能量，跟蓝色珠子融合的皮卡丘会受到影响，心智会被控制的。
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【翔太：阿渡天王好忙，在各大地区来回活动，铲除邪恶组织。】
【御龙渡：为了防止那些人利用传说中的宝可梦做坏事，我只能到处跑了，熔岩队跟海洋队还算不错，起码最后还是改邪归正，原地解散。可不像某些人组织，失败了那么多次，甚至还差点把命给丢了，都还是继续那虚无的计划。】
说的不会是坂木老大吧......火箭队三人组心想。
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红色宝珠控制了水舰队的老大，从而跟盖欧卡一起兴风作浪，到处搞破坏。
而固拉多因此醒来，跟蓝色珠子融合的皮卡丘跳在了固拉多头上，阻止被控制的盖欧卡。
小智一行人跟阿渡一起合作，盖欧卡被固拉多给打醒了，红色宝珠、蓝色宝珠分别从海洋队老大、皮卡丘身上出来，融合在一起消失了。
从此，可以控制固拉多与盖欧卡的东西不复存在，一切的事件终于落幕！
固拉多、盖欧卡回到自己应该要去的地方。
危机解除了，小智一行人终于是来到了绿岭道馆。
因为绿岭道馆是需要进行双打对战的，馆主小枫与小南各自派出太阳岩与月石，而小智派出皮卡丘跟大王燕。
一开始小枫与小南跟当初的小智与小遥进行双打对战一样，没有什么默契，还互相吵了起来，而火箭队三人组出来助攻，这次助攻的不是小智，而是绿岭道馆的小枫与小南。
他们立马就有了默契，皮卡丘跟大王燕的攻击都被月石跟太阳岩相互配合下挡了下来，在月石以及太阳岩的配合攻击下处于下风。
此时，小智灵机一动，想到了破局之法。
就让皮卡丘使出了打雷。
打雷直接覆盖住了大王燕跟皮卡丘。