免疫学家们在应对免疫排斥反应方面也成绩卓着。他们通过对再生基因进行精心修饰，如同为基因穿上了一件巧妙伪装的外衣，使其表达产物的分子结构尽可能模拟人体自身蛋白质。同时，他们精准地控制免疫抑制剂的剂量，犹如在刀刃上行走般小心翼翼。通过这一系列措施，显着减弱了免疫排斥反应的强度，为基因治疗在人体的应用扫除了一大障碍。
但伴随这些令人鼓舞的进展，基因变异风险却如影随形，成为横亘在科研道路上的一道难以逾越的新难题。在对实验培养的人类细胞系进行日复一日、年复一年的长期追踪观察时，科研人员震惊地发现，部分细胞在向肢体组织细胞分化的复杂进程中，出现了严重的基因表达紊乱现象。原本如同精密时钟般井然有序、按部就班的细胞分化程序，仿佛被一只无形且邪恶的手肆意打乱了节奏。部分细胞犹如脱缰的野马，挣脱了正常调控的缰绳，开始不受控制地疯狂异常增殖，逐渐聚集形成了类似肿瘤细胞的团块。
科研人员深入研究后揭示，这一令人担忧的现象极有可能归因于基因编辑过程中，升级版的 CRISPR - Cas 系统虽在定位精准度上有了显着提升，然而在切割和整合再生基因的那一瞬间，就如同在平静如镜的湖面投入了一颗石子，看似微小的扰动，却对周围基因产生了不容忽视的影响。这些看似微不足道的改变，恰似引发连锁反应的第一块多米诺骨牌，触发了基因表达调控网络中一系列错综复杂的连锁反应。这个基因表达调控网络就像一张庞大而精细的蜘蛛网，牵一发而动全身，最终致使细胞生长和分化彻底失控，陷入了混乱无序的状态。
不仅如此，人工调控系统在模拟小型飞行生物转录因子作用时，也暴露出了潜在的基因变异风险。尽管当下的实验成功地叩开了人类细胞再生相关基因通路的大门，让科研人员看到了希望的曙光，但科学家们的担忧却并未因此减少。他们深知，长期依赖这种人工调控机制，犹如让细胞习惯了一种外来的、并非自身原生的“指挥方式”。随着时间的推移，细胞自身的基因调控系统可能会在这种外来干预下逐渐迷失方向，进而陷入紊乱状态。人体自身的基因调控系统是一个极其精密且复杂的体系，它如同一块精准运转的瑞士钟表，每一个零件、每一次摆动都至关重要。一旦这个系统失去平衡，就如同钟表失去了准确的指针，各种难以预测的健康问题将如汹涌的洪水猛兽般接踵而至。从免疫系统功能异常，使得机体抵御外敌入侵的能力大幅下降，如同失去了坚固城墙保护的城市，极易遭受各种病原体的肆意侵袭；到代谢紊乱，引发身体各机能运转失常，身体的各项生理功能无法正常协调进行；甚至可能诱发其他更为严重、危及生命的疾病，如各种恶性肿瘤、罕见的遗传性疾病等，这些都对患者的生命健康构成了巨大的潜在威胁，犹如高悬在患者头顶的达摩克利斯之剑。
在免疫方面，尽管通过修饰再生基因和严格控制免疫抑制剂剂量，成功降低了免疫排斥反应的强度，让基因治疗的前景看似一片光明，但这绝不意味着风险已被完全消弭。免疫系统宛如一个错综复杂、神秘莫测的庞大网络，其中的每一个环节都相互关联、相互影响，牵一发而动全身。长期使用免疫抑制剂，就如同在与敌人战斗时，为了削弱敌人的力量，却不小心同时削弱了自己的防御力量。这可能会抑制人体对其他病原体的正常免疫反应，使机体犹如一座失去了坚固城墙保护的城市，变得脆弱不堪，更容易遭受各种感染性疾病的侵袭。这些感染性疾病可能从普通的感冒、肺炎，到严重的病毒性感染、真菌感染等，给患者的身体带来沉重的负担。即便再生基因表达产物的分子结构尽可能模拟人体自身蛋白质，试图蒙混过免疫系统那如“火眼金睛”般敏锐的监测，但也无法完全排除免疫系统在长期“巡逻”监测过程中，逐渐识破伪装并产生免疫反应的可能性。一旦免疫系统重新对再生基因发起猛烈攻击，这不仅可能让基因治疗历经千辛万苦所付出的努力瞬间功亏一篑，还可能如同打开了潘多拉的魔盒，释放出更为严重的免疫相关疾病，如自身免疫性疾病。在自身免疫性疾病中，免疫系统会错误地将自身的组织和器官识别为外来的敌人，从而发动攻击，导致身体出现各种严重的症状，如关节疼痛、皮肤炎症、器官功能受损等，对患者的健康造成毁灭性的打击，使患者的生活质量急剧下降，甚至危及生命。