处于核心决策圈的是几位宰相，他们通常以“同中书门下平章事”或本官加“参预朝政”等名号入值政事堂，在李渊主持下共议军国机要。侍中、中书令、尚书仆射等三省长官是当然的核心成员，如深得李渊信任的纳言（侍中）陈叔达、内史令（中书令）萧瑀、尚书仆射裴寂等，他们常在御前直接参与决策，对前线战报、将领请示、战略调整进行研判，为李渊提供关键建议。
具体决策的执行中枢是尚书省，其下辖吏、户、礼、兵、刑、工六部如同帝国的四肢。兵部尚书（可能为屈突通或任瑰）及其僚属负责前线兵员的征发调遣、军械甲仗的制造补充、驿传系统的保障以及军事情报的汇总分析，李世民不断请求增援的奏报，最终需兵部拿出具体方案并协调落实。
户部尚书则掌管着帝国的钱粮命脉，与司农寺、太府寺协同，为东西两线庞大的军队筹措、转运粮秣军资，并处理全国赋税征收与仓储调度，确保战争机器的血液——后勤补给线畅通无阻；工部尚书则要组织工匠赶造攻城器械、修缮战船、加固关隘城池，满足前线技术需求。
中书省负责秉承李渊旨意起草诏敕、任命文书（如对前线将领的嘉奖或新占领区官员的委任状），其长官中书令和众多精于文墨的中书舍人，是李渊意志转化为正式文件的关键环节。门下省则肩负着审核中书省起草的诏命、驳正违失的重任，其给事中、黄门侍郎等官员对李渊的决策形成一定制约，确保敕命的合法性与可行性。所有来自前线（如李世民、李建成）以及全国各地、各衙署的奏章文书，都需经过门下省的初步审阅分类，再呈送御前。
除了三省六部，其他重要机构也围绕着李渊高效运转。御史台负责监察百官，在战时也兼有监督军需物资调配、防止贪渎克扣的职责。大理寺与刑部则处理司法案件，维持国内秩序稳定。太常寺掌管礼乐祭祀，在特殊时期（如新年、重大军事行动前）需组织仪式，祈求神灵护佑，凝聚人心。负责宫禁宿卫和京城治安的左右卫、左右武卫等禁军系统，以及京兆尹府，在李渊直接掌控下，确保长安城及皇宫的安全无虞，为前方征战提供稳固的大后方。