林夜与洛清瑶携手，在历经无数艰难险阻后，终于成功战胜初代，让宇宙逐渐恢复平静。他们满怀希望，利用生命母树的力量开启重建宇宙的征程。然而，命运似乎并不打算轻易放过他们，新的危机正悄然降临。
在超维风暴的肆虐中，星棺碎片如同被一只无形的大手牵引，开始了一场神秘的重组。碎片相互交织、融合，最终化作一棵翡翠树苗。树苗通体散发着柔和的翠绿色光芒，叶片闪烁着神秘的光泽，仿佛蕴含着无尽的生机与未知的力量。它的根系如同无数条粗壮的蟒蛇，疯狂地穿透七百二十个维度，贪婪地汲取着各个维度的养分。随着养分的不断吸收，树苗以惊人的速度生长，很快便长成了一棵参天大树，正是那神秘的生命母树。
生命母树的出现，本应是宇宙重生的希望之光，可事与愿违，它带来的却是一场可怕的灾难。首颗文明果实悄然在枝头孕育，随着时间的推移，逐渐成熟。果实表面浮现出药王谷的图腾，那些神秘的纹路仿佛在诉说着古老的故事。当果实成熟的瞬间，一声沉闷的轰鸣响起，果实如同炮弹一般喷射出无数孢子。孢子云如汹涌的潮水，迅速弥漫开来，所到之处，一切都发生了诡异的变化。
一座繁华的城市，在孢子云的笼罩下，如同被施了邪恶的魔法。高楼大厦开始扭曲变形，混凝土和钢铁逐渐被血肉所取代，整座城市竟转化为一座巨大的血肉炼丹炉。街道上，行人在痛苦中挣扎，身体逐渐被异化，变成了一个个扭曲的怪物，融入了这座恐怖的炼丹炉之中。刺鼻的血腥味和诡异的气息弥漫在空气中，让人不寒而栗。
“这到底是怎么回事？生命母树怎么会引发这样的灾难？” 林夜看着眼前的惨状，心中充满了震惊和愤怒。他深知，必须尽快采取行动，阻止这场灾难的蔓延。
林夜毫不犹豫地调动星纹武装的力量，将其凝聚成一场灭世火雨。火焰如流星般划过天空，朝着孢子云倾泻而下。他期望用这熊熊烈火，将孢子云彻底焚烧，阻止文明果实的污染。然而，事情的发展却出乎他的意料。火焰接触到孢子云后，不但没有将其消灭，反而如同催化剂一般，引发了果实的二次变异。
原本喷射孢子的文明果实，在火焰的催化下，变得更加巨大，表面的纹路也愈发扭曲。果实内部似乎有一股强大的力量在涌动，随时可能爆发。与此同时，周围的空间开始扭曲，时间仿佛也陷入了混乱。
“不好，这果实的变异超出了我们的控制！” 林夜心中一紧，意识到问题的严重性。
就在这时，沧溟君突然出现。他的眼神中透露出一丝决绝，毫不犹豫地挥动手中的利刃，斩断了母树的气根。气根被斩断的瞬间，一股黑色的汁液如喷泉般涌出。然而，让众人意想不到的是，这汁液竟有着诡异的力量。汁液溅落在战死的佛国僧兵尸体上，那些早已死去的僧兵，竟然缓缓站了起来，他们的眼神空洞，身体散发着腐臭的气息，已然丧尸化复活。
丧尸化的佛国僧兵们，手持禅杖，朝着林夜等人缓缓逼近。禅杖上闪烁着诡异的光芒，仔细一看，竟呈现出星骸黑市改造的痕迹。而杖头镶嵌的舍利子，在光芒的映照下，显露出其真实面目 —— 微型星门发生器。这些舍利子不断散发着能量波动，与生命母树和文明果实之间似乎存在着某种神秘的联系。