回到羊村后，羊儿们还没来得及好好分享这次奇妙冒险的点点滴滴，慢羊羊村长又神色凝重地把大家召集到了一起。原来，自从那神秘孤岛的古老文明复苏后，羊村的监测仪器就开始频繁捕捉到一些奇异的能量波动，这些波动和之前神秘信号的波动虽有不同，但似乎又有着某种微妙的联系。
为了弄清楚这背后的缘由，喜羊羊和伙伴们再次踏上征程。这次，他们循着能量波动的方向来到了一片寸草不生的荒漠。炽热的阳光毫无遮拦地照射下来，地面滚烫，每走一步都扬起一阵沙尘。
在荒漠的深处，他们发现了一座被风沙掩埋了大半的遗迹。遗迹中隐隐散发着与那能量波动相同的气息。当他们靠近遗迹时，突然从地下钻出一群巨大的沙虫。这些沙虫皮糙肉厚，行动迅速，在沙地里穿梭自如，不断向小羊们发起攻击。
沸羊羊挥舞着拳头，试图击退沙虫，但沙虫数量众多，前赴后继。美羊羊着急地为大家治疗伤口，可沙虫的攻击让她应接不暇。灰太狼拿出新发明的武器，向沙虫发射强力射线，然而射线对沙虫造成的伤害有限。
这时，喜羊羊发现沙虫似乎对某种特定频率的声音十分敏感。他连忙让懒羊羊吹响随身携带的笛子，尝试不同的音调。经过一番摸索，终于找到了让沙虫畏惧的频率，沙虫们纷纷退回到沙地之下。
解决了沙虫危机，小羊们进入遗迹内部。里面阴暗潮湿，墙壁上刻满了奇怪的图案和文字。在遗迹的最深处，他们发现了一个巨大的能量核心，散发着诡异的光芒，正是它发出了那些奇异的能量波动。
就在他们准备进一步研究能量核心时，遗迹突然剧烈震动起来，原来，他们的到来触发了遗迹的防御机制，整个遗迹即将坍塌。喜羊羊当机立断，和伙伴们一起将能量核心小心翼翼地搬出遗迹。
刚走出遗迹，身后就传来一阵巨响，整个遗迹在漫天沙尘中轰然倒塌。带着能量核心回到羊村后，小羊们开始了漫长的研究过程。他们发现，这个能量核心和之前孤岛文明有着千丝万缕的联系，似乎是解开某个更大谜团的关键线索。 而随着研究的深入，一个更为惊人的秘密也逐渐浮出水面，在遥远的宇宙深处，一股黑暗势力正在悄然崛起，他们似乎察觉到了小羊们的行动，正朝着羊村所在的方向蠢蠢欲动 。
小羊们得知黑暗势力蠢蠢欲动，丝毫不敢懈怠，日夜研究能量核心，希望能从中找到应对之策。在一次深入分析中，能量核心突然释放出一道神秘影像，画面中出现一位智者，他的声音在羊村回荡：“欲抗黑暗，需寻三神器，于三地，蕴三力，合而为一，方可破敌。”