永恒纪念碑落成后的第八个世纪，宇宙边缘的「悖论星云」突然出现诡异的时空褶皱。这片曾因维度熔炉事件而闻名的区域，如今漂浮着无数散发着幽紫色光芒的晶体——这些晶体与曾经的熵晶极为相似，却又蕴含着更加强大且诡异的能量波动。零的万象中枢监测到，这些晶体正在以一种超越常规物理法则的方式自我复制，其扩散速度如同瘟疫般席卷周边星系。
艺术之城的先知们通过古老的「命运织机」观测到令人不安的画面：无数文明的命运丝线被这些晶体腐蚀，原本明亮的生命线逐渐黯淡，最终断裂。织机表面浮现出晦涩难懂的预言：“熵晶之种破茧，轮回悖论降临，当因果之链崩解，文明将在永恒的重复中消亡。”吟的量子共鸣琴再次产生异动，琴弦自动震颤出不和谐的音调，琴身表面的纹路开始扭曲，仿佛在映射某种未知的危机。
星穹协奏会紧急召开跨维度峰会，机械文明的首席科学家展示了令人震惊的研究成果：“这些熵晶之种不仅能够吞噬能量，还能篡改时空的因果律。被其影响的区域，历史与未来开始重叠，导致文明陷入无尽的轮回。”他调出全息投影，画面中某个文明反复经历着诞生、繁荣与毁灭的过程，却始终无法摆脱宿命的循环。
新守望小队与灵韵学院的新生代守护者组成「悖论清除队」，携带由多元文明联合研发的「因果锚定器」，踏上了对抗熵晶之种的征程。当他们抵达悖论星云时，眼前的景象颠覆了所有认知：时间在这里呈现出实体化形态，如同流淌的银色河流；空间则扭曲成莫比乌斯环的结构，无论前进多远都会回到原点。
洛卡的空间能力在这片诡异的区域完全失效，他每一次试图构建传送通道，都会引发时空震荡，将众人传送到不同的时间节点。零的万象中枢也陷入混乱，不断输出自相矛盾的数据：“这里的因果律处于叠加态，我们的每一个行动，都可能成为过去或未来的因。”就在众人陷入困境时，吴仙的灵识以量子纠缠的形态出现，他的身影由无数闪烁的光点组成，手中握着一卷不断翻动的「命运之书」。
“熵晶之种是混沌古神在终焉重构时埋下的后手，”吴仙的声音带着一丝忧虑，“它们扎根于时间的缝隙中，利用因果悖论不断壮大。想要摧毁它们，必须找到隐藏在轮回深处的「时序齿轮」——那是维持宇宙因果律的核心装置。”他将命运之书抛向众人，书页上浮现出一系列模糊的画面，指引着清除队穿越时空的迷雾。
在探索过程中，守护者们遭遇了来自不同时间线的自己。这些“时间镜像”拥有与他们相同的能力和记忆，却被熵晶之种的力量扭曲，成为守护轮回的傀儡。艾琳与未来堕落的自己展开激战，在灵韵的碰撞中，她逐渐理解了对方的痛苦与无奈；艾丽娅的光焰道纹继承者莱恩，与过去懦弱的自己并肩作战，终于突破了心魔的束缚。
随着对时序齿轮的接近，清除队发现整个悖论星云竟是一个巨大的时间迷宫，每一个角落都隐藏着因果陷阱。零通过万象中枢解析吴仙留下的线索，发现时序齿轮的位置会随着观测者的认知而改变：“我们必须打破对时间的固有认知，用「无因无果」的状态去寻找它。”