维蕾娜在执行侦查任务时，战甲传感器捕捉到异常的量子信号。她循着信号抵达一片荒芜星域，这里漂浮着无数刻有神纹的石碑，每一块石碑都记录着一个被熵寂之眼毁灭的文明。在石碑中央，她发现了一面破碎的镜子，镜中倒映出她身披幽蓝战甲、手持暗瞳权杖的模样，而她的身后，是正在崩塌的新宇宙。
吴仙召集众人在世界树核心议事，他的神纹身躯泛起微弱的裂痕。“熵寂之眼是超越秩序与混沌的存在，它的苏醒意味着宇宙将回归绝对熵寂的终焉。”他摊开手掌，神纹光芒中浮现出封印的结构图，“我们必须在它完全苏醒前，找到散落在宇宙各处的「神纹锁钥」，重新加固封印。但这些锁钥...分别掌握在不同的古老势力手中。”
零在万象中枢全力解析永夜星云的数据，发现了更可怕的真相：暗金色种子与熵寂之眼存在着某种共生关系。创世之初，吴仙为了制衡熵寂之眼，将其部分力量封印在种子中，如今种子的异动，正是熵寂之眼苏醒的前兆。“如果暗金色种子被彻底腐蚀，”她的机械手指快速敲击键盘，“新宇宙将成为熵寂之眼的容器。”
就在此时，永夜星云传来惊天动地的轰鸣，一道幽蓝色光柱直冲天际。吴仙神色大变，神纹矩阵在他周身自动展开：“来不及了，熵寂之眼的第一重封印已破！从现在起，我们兵分六路，寻找神纹锁钥。记住，无论遇到什么，都不能让暗金色种子落入敌人手中！”
艾莉丝握紧神纹竖琴，翡翠色光芒在琴弦上流转；凯洛斯的光暗羽翼展开，三色能量暴涨；埃文高举记忆权杖，金色莲花光芒大盛；莱娅轻抚世界树的枝干，音律火种重新燃起；维蕾娜的光暗双剑出鞘，神纹战甲闪烁着幽光。而吴仙，他的神纹身躯化作一道金色流光，率先朝着永夜星云的方向飞去。新的危机，已如汹涌浪潮，将整个宇宙卷入一场关乎生死存亡的终极角逐......