最让他心惊的是董卓发掘帝陵。光武帝的原陵、明帝的显节陵被挖开时，刘协正在长安城外祭祀，听见百姓说董卓把陪葬的金缕玉衣穿在自己身上，还把光武帝的佩剑送给义子吕布。他偷偷派尚书郎侯汶去洛阳查看，侯汶回来时浑身是伤："陛下，先帝们的骸骨散在荒野，被野狗啃食......" 话没说完，就被董卓的密探拖走，从此再无音讯。
初平三年的春天，长安城里的桃花开得格外艳，却掩盖不了血腥气。司徒王允的连环计像场精彩的杂剧：先把貂蝉献给董卓，再许给吕布，引得这对父子反目。刘协躲在后宫，听见董卓的车驾经过，故意让小太监在路边唱《陌上桑》："日出东南隅，照我秦氏楼......" 董卓的车队顿了顿，又轰隆隆开走，他知道，这是王允在暗示行动在即。
四月辛巳日，刘协记得特别清楚。当吕布的方天画戟刺进董卓的喉咙，他正在偏殿读《春秋》，听见外面山呼 "万岁"，却不敢出去。直到王允来请，才看见董卓的尸体躺在殿外，肚脐上插着灯芯，正在 "点天灯"。他望着董卓肿胀的尸体，突然想起三年前登基时，董卓掌心的老茧 —— 原来再跋扈的权臣，死后也不过是具会漏油的皮囊。
董卓死后的长安城，像个破了口的脓疮。李傕、郭汜带着凉州兵反攻，长安城破的那天，刘协正在太学主持祭祀。听见喊杀声，他爬上城墙，看见叛军像潮水般涌进来，百姓被砍头的声音此起彼伏，比屠宰场的杀猪声还要密集。太常种拂战死前，朝他大喊："陛下快走！" 他却无处可逃，只能退回皇宫，看着叛军冲进未央宫，抢走了仅存的几车典籍。
最惨的是饥荒。兴平元年的长安，谷一斛五十万钱，豆麦一斛二十万，人相食的惨状每天都在发生。刘协让侯汶开仓放粮，却发现粥稀得能照见人影，亲自在御前熬粥，才知道官员克扣了一半粮食。他想治罪，却看见侯汶膝盖上的补丁 —— 原来连负责赈灾的官员，自己都在挨饿。最后只能轻轻说："杖五十吧。" 话一出口，就看见侯汶的眼泪掉进粥锅里。