起源之石重现的瞬间，整个宇宙都为之震颤。它散发的光芒既柔和又威严，秩序与混沌的能量在光芒中达到了完美的平衡。熵母的混沌漩涡首次出现了停滞，它发出愤怒的咆哮，掀起比之前更猛烈的混沌风暴。银色盔甲生物的意识残体也在风暴中凝聚，狞笑着：“你们以为一块破石头就能改变命运？熵母可是混沌的本源，是宇宙的终焉！”
苏璃举起起源之石，光芒与她的秩序熵轮产生共鸣：“混沌并非终局，平衡才是永恒！”她将起源之石的力量注入时空密钥，在圣殿周围构建出「永恒平衡结界」，暂时抵御住了熵母的攻击。但熵母随即分裂出无数混沌分身，这些分身形态各异，有的化作能吞噬星球的巨口，有的变成扭曲时空的触手，朝着宇宙各处蔓延。
黑袍人首领立即召集巡查队，驾驶战舰迎击分身。他们的能量炮在混沌分身面前效果甚微，反而被对方吸收转化为攻击。关键时刻，首领启动战舰的「混沌中和装置」——这是利用熵灭熔炉残骸改造的秘密武器。装置启动后，释放出能中和混沌能量的特殊场域，暂时压制住了部分分身的攻势。
林修则带领音波学院的精锐学员，组成「音波防线」。学员们各自弹奏不同频率的音波武器，在宇宙中编织成一张能量大网。当混沌分身触碰到音波网时，发出刺耳的尖啸，身体开始崩解。但更多的分身从熵母的本体中涌出，战况愈发激烈。
凯洛与星瞳族幸存者们一起，利用法典残片和封印钥匙的力量，在各个星系建立「光墟庇护所」。这些庇护所不仅能保护普通民众，还能将信仰之力转化为抵御混沌的能量。他们每建立一个庇护所，就会有一道金色光柱射向天空，与起源之石产生共鸣，增强平衡结界的力量。
银色盔甲生物见状，亲自操控着暗渊文明的终极武器「熵变巨炮」。巨炮充能时，整个星域的能量都被抽空，无数星球开始坍缩。苏璃意识到，必须在巨炮发射前摧毁它。她带领林修、黑袍人首领和凯洛，驾驶着经过平衡之力改造的「曙光号」星舰，朝着巨炮所在的暗渊母舰飞去。
途中，他们遭遇了暗渊文明的最强舰队。这些战舰的外壳由混沌晶体打造，能将任何攻击转化为随机维度的打击。有的攻击会将目标传送到过去，有的则会使其提前衰老。曙光号的护盾在攻击下不断闪烁，随时可能破裂。
苏璃启动时空密钥的「维度锚定」功能，锁定敌舰的攻击维度，将伤害转移到虚空中；林修弹奏出能扰乱晶体频率的音波，使敌舰的防御出现漏洞；黑袍人首领则抓住机会，指挥团队发射混沌能量鱼雷；凯洛用封印钥匙制造出时空陷阱，困住部分敌舰。
经过惨烈的战斗，曙光号终于突破防线，接近暗渊母舰。但此时，熵变巨炮已经完成充能，一道足以毁灭数个星系的熵变光束，正缓缓从炮口射出……