幸亏风早的残余力量加持了封印，再加上阿尔宙斯及时用终极审判之砾审判了地球，才使得阿尔法兽的邪恶计划功亏一篑。这场惨烈的战争被后人称为诸神黄昏之争，而这个时期则被称为次古时代。
八千万年后，阿尔宙斯结束了漫长的沉睡，再次展现出它的创世之力，重新创造了生灵。各大神兽也在这一时期重新诞生，它们从普通神奇宝贝开始修炼，与人类共同创造了一个又一个脍炙人口的传说。
最终，神兽们全部重登神位，三圣鸟、三圣柱、三圣菇、三圣剑等强大的神奇宝贝也在这一时期被创造出来，这个充满传奇色彩的时期被称为神话时代。
在这个时代，关东、成都、神奥、合众、卡洛斯五大地区的初阶版图也逐渐形成。
然而，人类文明的发展似乎总是伴随着无尽的欲望。随着人类文明的鼎盛发展，他们竟将贪婪的黑手伸向了一级神。令人震惊的是，他们对一级神的捕捉成功率竟达到了百分之五十，远远超过了当初超古代的百分之二十。这种肆无忌惮的行为再次引起了阿尔宙斯的强烈不满，导致了它的第四次审判。
四千万年后，阿尔宙斯再次施展创世神力，近古时代自此开启。这一次，固拉多与盖欧卡之间爆发了一场惊天动地的大战，它们的力量相互碰撞，创造出了许许多多的岛屿。后来，这些岛屿被雷吉奇卡斯拼凑在一起，形成了之后的芳缘大陆。而在这场大战之后，盖欧卡与固拉多的力量被剥夺，化为了红蓝宝珠，反哺芳缘。
三千年前，合众地区陷入了连绵不断的战乱之中，战争的硝烟弥漫在每一寸土地上，导致反转世界遭受了严重的污染。骑拉帝纳企图通过艾茵多奥克的青铜门降临合众地区，然而，它的计划被最强龙神成功拦截。双方实力旗鼓相当，展开了一场激烈的战斗。
在战斗的关键时刻，骑拉帝纳利用负面能量化为诅咒，将最强龙神一分为三，使其化身为雷希拉姆、捷克罗姆以及酋雷姆。酋雷姆则用自己剩余的力量化身龙脉，强行镇压了骑拉帝纳出现的青铜门，让它永远无法进入合众地区。在这场战斗中，骑拉帝纳的白金玉魂也丢失在了合众地区。