深渊之战后的城市重归平静，街道上的裂痕被彩色涂鸦覆盖，市民们将残留的青铜碎屑熔铸成象征希望的雕塑。但平静之下，暗流在看不见的角落翻涌——林星的量子监测仪每日凌晨准时响起刺耳鸣叫，显示有未知频段的信号从地底深处发出；姜清瑶的机械义眼偶尔会自动播放破碎的画面，画面里戴着蛇形面具的人正在组装新的齿轮装置；而张小柔的法典虽恢复光洁，却常在深夜渗出冰凉的水渍，在桌面上晕染成锁链图案。
楚离将崩裂的星图短弓碎片嵌入小臂，金属接口处泛着微弱的蓝光：“熵影虽灭，但它残留的能量正在城市地下形成新的脉络。”他展开从深渊带回的残破地图，上面用荧光颜料标注着十七个闪烁的红点，“这些位置对应着城市最古老的地基，传说初代家主曾在此埋下‘文明枷锁’的备用核心。”
众人循着线索来到老城区的废弃钟楼。锈迹斑斑的铁门后，盘旋的楼梯布满青铜藤蔓，每片叶子都刻着半张蛇形面具。陈薇的数据长鞭刚触碰藤蔓，银面具便发出警报：“检测到活体基因序列！这些藤蔓在吞噬周围生物的DNA进行进化。”话音未落，藤蔓突然暴涨，尖端分裂成蛇口状咬向众人。
张小柔挥动融合密钥，七色光芒将藤蔓灼烧出焦痕，但伤口处立刻生长出新的组织。战斗中，她注意到藤蔓的汁液在地面汇聚成图案——那是初代家主与白色长袍人的双生画像，两人脚下踩着破碎的齿轮，背后悬浮着十二面体宝石。“他们在暗示什么？”张小柔用法典吸收汁液，空白页却毫无反应。
千钧一发之际，半截银面具人的意识碎片突然凝聚：“钟楼下方...有双生体的记忆舱...”碎片消散前，投射出一段模糊影像：年轻的初代家主在实验室中痛苦挣扎，白色长袍人举着注射器靠近他，针管里的紫色液体闪烁着诡异的光。
众人突破藤蔓封锁，在钟楼地下室发现三个水晶舱。其中两个舱内沉睡着双生体的幼年形态，胸口处各镶嵌着半块十二面体宝石；第三个舱内则存放着一本皮质日记，扉页写着：“当秩序与自由走向极端，双生的诅咒将吞噬一切。”林星快速翻阅日记，瞳孔猛地收缩：“初代家主和白色长袍人本是同源克隆体，被植入不同的文明理念后产生了分裂。更糟的是，他们创造的双生体机制，让每一代继承者都必须背负这种对立！”
此时，地下室的墙壁突然翻转，露出隐藏的放映室。屏幕自动亮起，播放着蛇形面具人的最新计划：他收集了熵影残留的黑色能量，正在城郊的旧码头建造“熵能转化塔”，塔尖的巨型齿轮装置足以将整个城市的生命力抽离。画面最后，蛇形面具人摘下伪装——赫然是消失已久的白色长袍人！