嘉靖为安抚人心，不得不把胡宗宪又从京城大牢里放出去。而在这之前，严嵩及其他党羽的案子也都先草草了结。由于时间紧迫，形势紧急，严嵩和严世藩并没有经过三堂会审，而是直接落旨判决。
严嵩只是被罢官，没有深究。严世藩被充军流放。最让人奇怪的是，嘉靖下的圣旨里，没有说明，两人到底犯了什么罪。还是“骄纵跋扈，违法乱纪”，这种说了等于没说的话。语焉不详，甚至模糊不清。
严嵩的那些党羽也基本没有过审，草草判定。因为罪状未深查深究，命都保住了。只是丢了官，变为庶民。最严重的，也仅是多坐几年牢而已。
对胡宗宪的处理则拖得最久。嘉靖明显对他举棋不定。但在形势的倒逼下，尤其俞戚两人又不断立下战功，只能在1561年11月，将他放出狱。但是同样也不给他复职。哪怕是江南形势不妙，急需胡宗宪回去主持大局。
胡宗宪在京城过了寒冬，于第二年春天返回老家。等到江南真正、彻底地平定后，才被重新抓入大牢，彻底按上死罪。
要说胡宗宪哪里得罪嘉靖。立了“平海”的大功，也要非死不可。“与严嵩勾结”反倒是桩小事了，阻了其“长生之路”才是正解。归根结底，还是因为斩了王直。