看着这么复杂的案情，皇帝也犯了难，于是就让大臣们公开辩论此案。大臣们有的支持判死刑，有的支持减刑，双方在朝堂上展开了激烈争论。
司马光等人认为，应该判阿云绞刑。断案依据是祖宗之法《宋刑统》：杀人时，“於人有损伤，不在自首之例”。阿云砍掉了韦大一根手指，即使没有把人杀死，也应该与杀人同罪，所以不能算作自首。
王安石等人支持许遵，他们回顾了祖宗之法的本意，认为先人的法意是永恒的，但具体的法条是需要因时修订的，“今律所不备，别以后敕从事者甚众，何独怪论也”。他们认为，如果谋杀的凶手没有将人致死，还主动自首，就可以从谋杀罪减刑二等论处，否则，就堵死了以后谋杀致伤者的自首道路，治安前景堪忧。
这实际上已经是法理之争，那就是在有谋杀主观的前提下，谋杀既遂和谋杀未遂到底该不该同罪，自首的适用范围边界在哪里。在这不得不说，司马光的头脑还是死板了些。
皇帝最后采纳了王安石的意见，于七月初三下诏:“谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论。”这一诏书并不只是对阿云案本身的判决，而多的是表明皇帝支持王安石灵活变通的变法思想，尝试弥补法律的矛盾之处。
阿云案不仅在当时引起了广泛的讨论，还对中国的法律实践产生了深远影响。在历史的长镜头下，阿云案成为中国古代司法从绝对法定刑向灵活量刑转变的关键节点，由此中国确立了“法律条文需兼顾道德伦理”的司法原则，平衡了“宽严相济”的司法理念。
——月夜下那个举刀的村姑，无意间成了中国法制史上的"蝴蝶少女"，她翅膀扇动的风暴，至今仍在法学院的课堂回响。
但双方的争论并没有因此平息下来，反而愈演愈烈。虽然王安石这时还没有执掌大权，但山雨欲来风满楼，皇帝与王安石显然已达成变法的默契，一帮保守的士大夫也敏感地察觉到了这一点，千方百计地想要阻止变法，所以从各个方面反对王安石一党，这就是阿云案的背景。