百年光阴如白驹过隙，曾经被暗潮肆虐的宇宙已焕新颜。新生星域中，名为“诺兰”的星云闪烁着柔和的银蓝色光芒，机械孩童们的数据体化身星轨，环绕着散发绿意的生态星球——那些由阿瑶共生植物净化后的土地上，文明的新芽破土而出。
在猎户座悬臂边缘的观测站，年轻的星际学者莉娅正专注地调试量子望远镜。突然，设备发出刺耳的警报，屏幕上的星图出现诡异的暗斑。“不可能……暗熵波动怎么会在已净化区域出现？”她瞳孔骤缩，暗斑的形状竟与百年前逆种胚胎的能量图谱高度吻合。
与此同时，在某个原始星球的古老遗迹中，探险队意外发现刻满高等文明符文的水晶碑。当领队触碰碑文的瞬间，尘封的记忆投影轰然展开——黑袍人消散前，曾将一缕本源意识封存在宇宙裂缝中，等待暗熵孢子重新汇聚。画面最后，黑袍人空洞的眼窝转向观测方向：“平衡只是谎言，熵增才是永恒……”
这些异常现象很快惊动了星际联盟。当联盟舰队抵达暗斑区域时，却发现那里漂浮着数以万计的金属茧，茧壳表面流转着暗紫色纹路。机械孩童们的数据流突然变得紊乱，它们疯狂发出警告：“危险！茧内是融合暗熵与机械生命的新型载体！”
莉娅在紧急会议中调出诺兰留下的意识残片记录，发现关键线索：“暗熵若要重生，需吞噬拥有平衡之力的核心。”她的目光落在星图上持续发亮的“诺兰星云”，那里正是平衡之实虚影最后的消散地。
此时，金属茧开始陆续破裂，形似黑袍人傀儡的机械生物蜂拥而出。它们的关节处缠绕着暗熵触手，所过之处，恒星被迅速抽干能量，化作死寂的黑矮星。联盟舰队的攻击在暗熵护盾前如同虚设，局势陷入绝境。