残余势力的科研人员们日夜不停地研究如何利用有限的资源开发出更强大的武器。他们从神秘组织遗留的技术资料中找到了一种能够将黑暗能量与常规武器相结合的方法，虽然这种方法还处于实验阶段，但一旦成功，将大大提升他们的战斗力。
在寻找“暗能晶矿”方面，残余势力派出了多支侦察小队，深入宇宙的各个角落。其中一支小队在一个偏远的星系中发现了疑似“暗能晶矿”的能量反应。“影刃”得知后，立即亲自率领主力部队前往该星系。
与此同时，科研探索舰队在继续探索的过程中，又发现了几颗与水晶球能量波动存在关联的特殊天体。这些天体形态各异，有的是散发着诡异光芒的气态巨行星，有的是表面布满神秘符文的小行星带。科研人员们对这些天体进行了详细的研究，发现它们都具有一些共同的能量特征，似乎都在围绕着一个更大的秘密运转。
“我们推测，这些特殊天体可能是某种古老宇宙机制的一部分，而水晶球则是激活或控制这个机制的关键。但目前我们还不清楚这个机制究竟是什么，以及神秘组织试图利用它做什么。”科研探索舰队的负责人在向总部汇报时说道。
随着真相逐渐浮出水面，宇宙联合组织与神秘组织残余势力之间的角力也愈发激烈。宇宙联合组织必须在神秘组织残余势力找到“暗能晶矿”并发动袭击之前，彻底揭开水晶球的秘密，找到应对危机的方法。而神秘组织残余势力则妄图不惜一切代价，获取水晶球，实现他们那邪恶的计划。整个宇宙再次被紧张的气氛所笼罩，一场决定宇宙命运的终极对决似乎正悄然临近……