灵韵使等人消散后的千年间，宇宙在「溯光之力」的滋养下迎来了涅盘重生。艺术之城的灵韵树褪去了往昔的形态，化作漫天飘散的星芒，每一道光芒都在不同的星域生根发芽，形成新的「灵韵之种」。这些种子孕育出的文明不再依赖外力守护，而是将希望与勇气内化为成长的动力。莱娅的艺术灵韵化作了「创生之笔」，赋予新文明以无尽的想象力；卡隆的机械智慧演变成「万象熔炉」，为科技发展提供无限可能；艾莉丝的时空知识则化为「命运之机」，编织着文明延续的脉络。
在距离艺术之城亿万光年的「翡翠星云」，一个名为「伊卡洛斯」的新生文明正面临抉择。他们的母星资源濒临枯竭，而探索星际的技术却尚未成熟。绝望之际，一颗坠落在星球上的灵韵之种苏醒，释放出灵韵使等人的记忆投影。画面中，守望者们在绝境中坚守信念的身影，点燃了伊卡洛斯人心中的火种。他们不再执着于逃离，而是利用「万象熔炉」的原理，将废弃资源转化为新型能源，在母星上建造起环绕赤道的生态穹顶，开创了「资源循环共生」的文明新模式。
然而，和平的表象下，一场关于「文明本质」的争论正在悄然蔓延。在「量子玫瑰星系」，部分高级文明认为，经历过无数次危机的宇宙应当建立绝对秩序，由少数强大文明制定规则，避免重蹈覆辙。他们成立了「秩序仲裁者」联盟，试图用科技手段限制低等文明的发展，声称这是为了「宇宙的长远利益」。与之对立的「星芒同盟」则坚信，每个文明都有自由探索与犯错的权利，多样性才是宇宙生生不息的源泉。两大阵营的冲突一触即发。
此时，宇宙深处突然出现了神秘的「熵雾裂隙」。这些裂隙中渗出的灰雾与永劫回廊的气息相似，却又夹杂着陌生的能量波动。新崛起的灵韵使继承者们——来自不同文明的年轻守护者，察觉到了事态的严重性。其中，拥有空间操控能力的「折纸师」洛卡、精通能量转化的机械少女「零」，以及能与万物共鸣的歌者「吟」，自发组成了新的守望小队。
他们循着熵雾的轨迹，来到一片被称为「遗忘回廊」的空间。这里悬浮着无数水晶棺，每个棺中都封印着某个文明的「备选形态」——那些因历史转折而未能实现的发展方向。当熵雾接触到水晶棺，棺中的虚影开始扭曲，化作充满攻击性的「可能性怪物」。洛卡用折纸构建出临时屏障，零将怪物的能量转化为己方护盾，吟则以歌声安抚失控的能量波动。
战斗中，零的机械眼捕捉到了惊人的细节：熵雾中隐藏着细小的代码片段，与卡隆遗留的机械族核心算法高度相似。进一步探索后，他们发现遗忘回廊的深处存在着一座「元始者档案馆」，馆内存储着一个名为「文明校准协议」的终极程序。该程序旨在当宇宙文明多样性失衡时，通过强行修正文明发展轨迹，回归所谓的「完美状态」。