八路军、新四军在华北敌后建立根据地，不断利用日军兵力不足，逐步占据主要交通线、城市以外的广大地区。由于八路军、新四军采取了以游击战为主的作战方式，避免与日军主力交战。日军前期忙于正面作战，并未对我军引起太大的重视，但随着时间的流逝，我军建立了稳固根据地，并不断向外渗透。日军感受到了压力，日军扫荡的频率、规模加大。
我军在不断研究日军的漏洞，加以利用。日军也在不断想办法改进战略、战术。
日本从刚开始力求速胜，太原上海沦陷了，国府没有屈服，徐州、南京沦陷了，国府也没有屈服，后日军又寄希望占领武汉，占领广州切断中国对外道道，逼迫国府投降，但他们失望了，虽然国党分裂，汪精卫等国府高层投降，但以帝申凯为首的国府退到重庆、四川还在抵抗。日本意识到速胜的美梦彻底破碎，日军在中国的作战陷入了泥潭。
随着占领区的扩大，日军变的更加分散，八路军、新四军进入敌后，发展迅速。日军连以战养战的目标都实现不了。现实迫使日本改变了战略，通过扶持汪精卫，扩大伪军，弥补日军兵力的不足，稳定占领区。日军对八路军、新四军的作战策略也发生了变化，华北日军从肃正作战升级到治安强化运动。敌后作战的主要目标转移到八路军、新四军，日军也意识到敌后抗根据地对我军的重要性。1940年秋季，华北方面军就在作战命令中明确提出：“要在敌军根据地进行彻底的‘三光作战’，断绝敌军将来的生存能力。”“毁坏无法运走的缴获武器和粮草并屠杀有抗日倾向的根据地成年男性平民”，将平民纳入作战对象中。
华北方面军更是在1941年2月颁布的《1941年度肃正计划》中将此类战法以命令的形式在全军范围内进行推广，妄图通过对根据地中国军民的无差别“三光扫荡”，彻底击垮八路军。
为稳定后方，日本陆军编制也出现了革新，中国战场上的警备师团的步兵大队扩容了1/3。扫荡部队也不再以一个完整的步兵大队为基干，而是以步兵中队为基本作战单位编成。由于可用之兵逐年减少，隶属于不同联队甚至不同师团的炮兵、通讯、辎重、步兵部队开始被混合编入同一个扫荡部7人。尽管扫荡部队的编成更加零散，但大部分部队仍配置了至少1个炮兵中队(或分队)及辎重队，保障了部队的机动性与单独作战能力，使其能够压制数倍于己的八路军、新四军部队。华北方面军还将更多数量的通讯装备用于作战，使得各扫荡部队之间的协同作战能力大幅提升。改善了通讯手段后使得每一支扫荡部队都能与作战指挥部和相邻部队进行联络，在提升指挥效率的同时也有效弥补了在八路军、新四军根据地内作战带来的情报劣势。
这三点变化使得华北方面军能够在作战中以更少的总兵力维持更多的作战单位。
在严酷的治安强化运动之下，国军坚持不住，主要力量退出了华北平原，龟缩在晋南、晋西。日军又利用国共两党的分歧，或明或暗的鼓励国军挤压我军生存空间，以至于各种摩擦事件层出不穷。