每天清晨，各营都要清点死亡人数，数字从最初的十几人迅速攀升至上百人。尸体堆积如山，最初还按军礼安葬，后来只能草草掩埋，最后连掩埋都来不及，只能集中焚烧。
焚烧尸体的黑烟终日笼罩在雨花台上空，空气中弥漫着一种令人作呕的焦臭味，与江南夏日的湿热混合在一起，形成一种令人窒息的死亡气息。
曾国荃在给兄长曾国藩的信中描述了这一恐怖景象："营中疫疠大作，勇夫病者十之六七，死者日以百数。天热如蒸，尸骸枕藉，臭秽熏天，虽掩鼻不能避。医者束手，药石罔效，眼见精壮之士，朝犹谈笑，暮已长逝，痛何如之！"
霍乱对湘军战斗力的打击是毁灭性的。原本一万八千人的精锐部队，到九月初实际能作战的已不足九千人。
军官阶层同样损失惨重，曾国荃的弟弟曾贞干也在这次瘟疫中病逝。
每天都有熟悉的面孔消失，士兵们生活在极度恐惧中，不仅要面对城外太平军的猛攻，更要提防无形的死神随时降临。
军中士气跌至谷底，一些士兵开始偷偷逃离。
曾国荃不得不采取极端措施稳定军心：一方面悬重赏鼓励敢死之士，"或抢救倒口，或暗截地道，或抢修濠垒，或夜破卡垒"，总计花费白银达三万二千两之多；另一方面承诺越级保举幸存者，并催促曾国藩尽快办理保举奏折，"以慰众人苦守之心"。
霍乱的传播方式在当时是个谜。
军医们注意到，同一帐篷的士兵往往接连病倒，但也不乏例外；有些人接触病患却安然无恙，有些人远离病源却突然发病。这种不确定性加剧了恐惧心理，士兵们开始怀疑是太平军使用了"妖术"，或是上天降下的惩罚。
"听说了吗？李秀成那逆贼请了妖僧，在城里做法诅咒我们呢！"一个满脸病容的老兵神秘兮兮地对同伴说。
"放屁！要我说，这是天谴。咱们一路杀来，手上沾的血太多了..."另一个士兵低声回应，话未说完就被军官厉声喝止。
实际上，霍乱的传播与湘军自身的卫生习惯密切相关。士兵们共用饮水桶，饭前便后很少洗手，生活垃圾与排泄物处理不当——这些都为霍乱弧菌通过粪口传播创造了条件。
但在当时有限的医学认知下，这些联系远未被理解。
当霍乱在湘军营地肆虐至顶峰时，李秀成率领的二十万太平军援兵也抵达了天京城外。
闰八月二十日（1862年10月13日），太平军对雨花台湘军大营发起了全面进攻。此时的湘军正处于最虚弱的状态——兵力不足万人，且多数士兵因疾病而体力不支。