管理流程与制度的滞后: 原本适用于几十人小团队的、相对灵活甚至有些随意的管理方式，在面对三百人规模的跨国组织时，显得捉襟见肘。项目管理缺乏统一的标准和工具，导致进度跟踪困难，资源分配冲突时有发生；绩效考核标准模糊，难以公平地评价不同地区、不同岗位员工的贡献；财务审批流程虽然在赵晴鸢的推动下有所规范，但在具体执行层面仍然存在各种“特事特办”的情况；人力资源管理更是几乎一片空白，缺乏系统性的入职培训、职业发展规划和跨文化管理机制。
“关键人”风险与知识传承: 公司在核心技术和战略决策上，对林轩个人的依赖依然非常严重。虽然顾维钧、陈家俊、李志远、高志明、王志刚等一批技术大牛的加盟，分担了部分研发压力，但许多最关键的技术方向把握、难题攻克，仍然需要林轩亲自出马。一旦林轩分身乏术或者出现决策失误，后果不堪设想。同时，随着团队规模的扩大和人员流动性的增加，如何将核心技术、项目经验、以及启明芯独特的创新文化有效地传承下去，也成为了一个亟待解决的问题。
面对这些如同“青春期烦恼”一般、伴随着快速成长而来的管理挑战，赵晴鸢再次展现了她作为顶级专业管理者的价值。她知道，仅仅依靠林轩的个人魅力和技术的领先是远远不够的，启明芯要想真正成为一家基业长青的世界级公司，必须尽快建立起一套与之规模相匹配的、规范化、系统化、国际化的管理体系。
在获得林轩的充分授权后，赵晴鸢开始大刀阔斧地进行内部“管理革命”：
建立全球一体化的沟通与协作平台: 她主导引入了一套在当时相对先进的企业内部协同办公系统（可能是Lotus Notes的早期版本，或者自行开发+整合），集成了邮件、日历、文档共享、项目管理等功能，并强制要求所有跨地域项目必须通过该平台进行沟通和协作，留下可追溯的记录。同时，制定了更规范的跨时区会议安排原则和沟通礼仪规范。
推行标准化管理流程: 她组织专门的流程优化团队（抽调各部门骨干+外部咨询顾问），开始梳理和制定覆盖研发、生产、销售、财务、人事等各个环节的关键业务流程（SOP），并将其固化到内部管理系统中。比如，建立了更严格的研发项目立项、评审、里程碑管理和风险控制流程；统一了全球范围内的财务报告格式和审批权限；制定了标准化的供应商评估和管理流程等。